نشأت مؤسسات التعليم العالي في ظل الاحتلال الإسرائيلي وبمبادرات محلية وطنية، ونمت وتطورت بسرعة حتى وصل عدد الجامعات على الأرض الفلسطينية عام 2011 (14) جامعة (2 حكومية، 3 خاصة، و 9 عامة) وعدد الكليات الجامعية (15)، والكليات المتوسطة (20)، وبذلك يبلغ عدد مؤسسات التعليم العالي في فلسطين (49) مؤسسة ينخرط فيها حوالي (214) ألف طالب وطالبة ، منهم حوالي (6600) طالب في برامج ماجستير ، وحوالي 65 الف طالب وطالبة في التعليم المفتوح موزعين جميعاً على تخصصات يقرب عددها من حوالي (1000) تخصص وبرنامج أكاديمي. ويعمل فيها حوالي (14600) موظف موزعين على كادر أكاديمي وإداري وخدماتي (21% منهم غير متفرغين). وقد بلغ معدل الالتحاق بالتعليم العالي للفئة العمرية (18 – 24) سنة حوالي 30 % (قاعدة بيانات التعليم العالي ، 2011).
ما يميز مؤسسات التعليم الفسطيني عن غيرها في الدول المجاورة هو وجود مفهوم الجامعة العامة الذي هو ليس حكوميا وليس خاصا، فهي لا تهدف إلى الربح وفي الوقت نفسه تتمتع باستقلالية في الإدارة والتعيين والتوظيف وتتحمل مسؤولية الرواتب والمصاريف التشغيلية الأخرى. هذه الميزة انفردت فيها معظم الجامعات الفلسطينية بحكم نشأتها في ظل احتلال اسرائيلي وغياب وجود سلطة وطنية فلسطينية. ولتخفيف حدة المنافسة بين هذه الجامعات في مجالات استقطاب أعضاء هيئة التدريس وأسس التعيين وما شابه ذلك من أمور ، تم في بداية التسعينيات بلورة ما يمسى كادر موحد، من قبل مجلس التعليم العالي المسؤول في حينه عن الإشراف على قطاع التعليم العالي حيث توحد سلم الرواتب والعلاوات و الإجازات وتعويض نهاية الخدمة والتوفير.
وبعد وجود السلطة الوطنية الفلسطينية في أوائل التسعينات أُنشئت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي عام 1996 لتشرف وتدعم وتُوجه نمو التعليم العالي الفلسطيني من خلال مجالسها وهيئاتها وإدارتها ووحداتها المختلفة، وصدر قانون التعليم العالي رقم (11) عام 1998، الذي حدد أهداف التعليم العالي ودور الوزارة وصلاحياتها ومستويات التعليم العالي وشهاداته الممنوحة وأنماط التعليم وأنواع مؤسساته.
وفي عام 2002، دمجت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي مع وزارة التربية والتعليم في وزارة واحدة، وبعد عام أُعيد تفعيل مجلس التعليم العالي لرسم السياسات العامة، وكذلك تم تفعيل مجلس البحث العلمي لرسم السياسات البحثية ضمن إطار مؤسسات التعليم العالي، وتم إنشاء هيئة الاعتماد والجودة لترخيص وتقييم واعتماد مؤسسات وبرامج أكاديمية جديدة وقديمة، إضافة إلى إنشاء صندوق إقراض الطالب، لمساعدة الطلبة في تغطية نفقات تعليمهم.
وفي عام 2012، أُعيد فصل وزارة التعليم العالي عن وزارة التربية والتعليم، واستمرت بتنفيذ كافة أعمالها وتطوير برامجها ووسائل إشرافها وفق خطتها المتوسطة المدى 2011-2013 من خلال مجالسها وهيئاتها وإداراتها العامة وفريق الوزارة الفني والإداري لمواجهة التحديات العديدة وتذليلها وتحقيق رسالتها وتقديم أفضل الخدمات ذات الصلة للمجتمع الفلسطيني.
وفي عام 2013 إعيد دمج وزراة التعليم العالي مع وزارة التربية والتعليم في وزارة واحدة.